Las comisiones especiales en algunos casos están compuestas por Senadores y Representantes en forma conjunta. Dentro de este tipo de comisiones se encuentran: las comisiones  adscritas a organismos nacionales e internacionales que tengan un carácter decisorio o asesor. Las comisiones especiales de seguimiento o vigilancia a los organismos de control público, a los organismos electorales; la comisión de crédito público, encargada de presentar informes o correctivos sobre operaciones de crédito externo que adelante el gobierno.

El senado tiene una comisión especial adicional denominada la comisión de instrucción.